Сначало на месте сегодняшнего строения стараниями Е. В. Потаповой (урождённой княжны Оболенской; 1820—1871) была построена маленькая древесная домовая церковь рядом с летней резиденцией виленского генерал-губернатора в 1868—1874 годах А. Л. Потапова в тогдашнем пригороде Вильны Зверинце. Богослужения вёл священник А. Братановский из Саратовского полка, расквартированного в Вильне. Популярная собственной благотворительной деятельностью Потапова посещала нездоровых, ухаживала за ними в лазарете и, заразившись холерой, погибла 3 (15) августа 1871 года. По завещанию, тело почившей на три денька было выставлено в домовой церкви, потом было увезено в Санкт-Петербург для погребения в родовом склепе Оболенских.
Тяжело переживавший утрату супруги А. Л. Потапов решил в память о ней рядом с древесной церковью возвести каменный храм. Под церковь был выделен участок в 375 м 2. Проект строения был подготовлен архитектором Н. М. Чагиным, предложившим сохранить древесный каркас прежней церкви и выстроить каменные стенки по её периметру.Год спустя 3 (15) августа 1872 года, в годовщину кончины Е. В. Потаповой, новый белокаменный православный храм был освящён архиепископом Виленским и Литовским Макарием (Булгаковым) во имя святой великомученицы Екатерины. На боковом фасаде была установлена мемориальная плита в память Е. В. Потаповой. Храм был приписан к домовой церкви Святого Александра Невского в генерал-губернаторском дворце. После отъезда Потапова из Вильны церковь содержалась на проценты с его вклада в виленском коммерческом банке. Распорядителем средств был настоятель дворцовой Александро-Невской церкви А. Гомолицкий.Памятная плитаОна сооружена в 1871 г. на средства б. генерал-губернатора Потапова, в память скончавшейся в Вильне его супруги Екатерины Васильевны, оставившей светлую память собственной благотворительной деятельностью. Прихода она не имеет и приписана к Дворцовой церкви; служба в ней совершается в храмовой праздничек и в деньки поминовения членов семьи Потапова.Во время Первой мировой войны закончилось существование дворцовой Александро-Невской церкви. Некое время Екатерининскую церковь использовала в качестве домовой церкви Н. Калинкова, дочь обладателя Зверинца В. В. Мартинсона. В 1922 году церковь была передана в ведение общины Знаменской церкви. С провозглашением автокефалии Польской православной церкви (1924), которая не была признана Столичным патриархатом, при Екатерининской церкви стараниями публичного и церковного деятеля В. В. Богдановича была зарегистрирована религиозная община РПЦ. Возглавлявший Литовскую епархию (с кафедральным центром в Ковно) митрополит Елевферий (Богоявленский) главой Екатериннского прихода провозгласил Александра (Левицкого). В 1925 году польские власти воспретили воспользоваться храмом. Но «патриарший» Екатерининский приход (единственный в межвоенной Польше, который не утратил канонической связи с Столичным патриархатом) продолжал негласно существовать. Службы совершались в личных домах прихожан. В храме же совершались богослужения и требы священниками Польской православной церкви во время ремонта Знаменской церкви.С установлением в Литве русской власти (1940) церковь была закрыта. После 2-ой мировой войны здание было занято под склад Литовской студии. Посреди 1990-х годов здание в порядке реституции было возвращено Виленской и Литовской епархии Российской православной церкви. В 2005 году по благословению митрополита Хризостома Свято-Духов монастырь выполнил внешний ремонт церковного строения: поновой перестелены покрытия купола и крыши и покрашены его стенки.В 2013 году по благословению архиепископа Виленского и Литовского Иннокентия был изготовлен внутренний ремонт храма. 7 декабря 2013 года в денек памяти святой великомученицы Екатерины было совершено 1-ое богослужение, которое возглавил архиепископ Иннокентий .В текущее время Божественная Литургия совершается часто по воскресным денькам и двунадесятым праздничкам. Также по средам читается молебен с акафистом святой великомученице Екатерине, в субботу совершается благодарственный молебен и общая панихида. Настоятелем храма назначен иерей Александр Мацкевич.Ссылка на источник:http://necrotula.ru/kultovye/tserkov-svyatoj-velikomuchenitsy-ekateriny-vilnyus
