Иноки сначала занимались постройкой нижней части монастырского комплекса, а уже позже были начаты работы по строительству нагорных построек. Александр III подарил монахам часы-куранты, поезд и электростанцию.
Монастырь был серьезно разрушен во время войны с Турцией, затем восстановлен. Обитель была одним из центров православия на Кавказе, сюда приходило множество паломников. На территории Новоафонского монастыря действовало несколько заводов, мастерских, две пасеки, сады, оранжереи, что позволило монашеской братии полностью не зависеть от внешнего мира.
Монастырь был закрыт в 1924 году, с 1994 года вновь передан Церкви.
Ансамбль обители включает в себя шесть храмов, кельи иноков, трапезную, хозяйственные объекты. Поблизости находится пещера апостола Симона Кананита, а также храм святого с его мощами.