В основании сооружения находится церковь преподобного Иоанна Лествичника. Автором был архитектор Бон Фрязин, приглашенный по царскому указу из Италии. Позже к храму были сделаны пристройки, а в 1600 году, в правление Бориса Годунова добавили сверху дополнительный ярус. Именно в этом облике колокольня существует и сейчас.
На Соборной площади возле звонниц было принято читать царские указы. Крест на высокой колокольне рухнул с высоты в 1812 году, когда французы пытались его снять. Также интервенты взорвали часть пристроек колокольни. В послевоенный период колокольня была отремонтирована и водружен новый крест. Восстановительными работами руководил архитектор Жилярди.
Звонницы имеют 34 колокола, отлитые русскими мастерами, в числе которых и легендарный А. Чохов. Самый древний колокол относится к 1501 год. Самый большой колокол – Праздничный или Успенский, весит почти 6 тонн.