Если верить источникам, данный монастырь основали в 1175 году по приказу владимирского князя Андрея Боголюбского. В 1230 году монастырь расцветает, после чего данная культовая постройка имела большое значение в православном мире, а особенно на территории Северо-восточного русского региона.
Во времена татаро-монгольских набегов храм неоднократно был разграблен и разрушен. После чего долгие годы святыня восстанавливалась. Позже, в 1561 и 1717 году, в результате пожаров монастырь существенно пострадал, зачем последовали новые реставрации. Интересно, что монастырь почти не имел стен. Церковные постройки были окружены многочисленными садами и огородами. Лишь в 1729 году была построена небольшая ограда из дерева. В 1722 году тут была открыта первая церковная школа в региона.
С приходом к власти большевиков, монастырь прекратил свою работу, а на его территории разместилось ОГПУ. В советские времена в зданиях монастыря находилась библиотека, различные кружки и спортивные комплексы. Лишь в 1993 году монастырь вновь начал функционировать.
В 1299 году митрополичью кафедру перенесли из Киева во Владимир, и Богородице-Рождественский монастырь ненадолго стал резиденцией главы русской православной церкви
