Предшественниками монастырей были отшельники, жившие в пещерах. В X веке здесь появляется первый скит, позже возводятся монастырские постройки.
На XV-XVI века приходится расцвет монашеской обители. Скалы активно застраиваются, появляются новые монастыри. Всего за историю Метеор в этих местах было около 22-24 монастырей. В тяжелые времена турецкого гнета, во время немецкой оккупации, в монастырях Метеор находили приют многочисленные беженцы, скитальцы.
Только в начале XX века в скалах были вырублены ступени, до этого времени попасть в обители можно было только используя лестницы или в специальных подъемных корзинах.
В наши дни действующими являются шесть монастырей: четыре мужских и два женских. Эти места являются одними из самых посещаемых туристами, а также многочисленными паломниками. Интересно, что название обители использовано было для альбома известной группы Linkin Park.