Все постройки древнего монастыря были деревянными, только в середине XVI века было принято решение и получено благословение митрополита на постройку каменного
Богоявленского храма. Обитель получала щедрые пожертвования от князей, расширяла свои владения.
Огромный урон был нанесен монастырю в XVII веке отрядами поляков, разграбивших обитель и уничтоживших всех ее защитников. Позже постройки были восстановлены, а монастырь посетил первый царь династии Романовых Михаил.
В середине и второй половине XVII века были возведены основные каменные постройки монастырского ансамбля: служебные и хозяйственные здания, звонница, храмы Иоанно-Богословский, Сретенский. Тогда же вокруг обители появилась каменная стена с башнями, а местные мастера-живописцы расписали стены храмов.
В наши дни в действующем Богоявленско-Анастасиином монастыре находится семинария, управление епархией, а также действует богадельня и приют.