Сооружение святыни, ученые относят к периоду десятого столетия. Если верить археологическим раскопкам и летописям, то монастырь был заложен в далеком 930 году. Его история была тесно связана с первым в Болгарии отшельником, которого позже отнесли к лику святых, Иоанном Рильским.
В 946 году, этот монах умер, а его мощи поместили неподалеку его пещеры. Позже их забрали в Софию, и возвратили монастырю лишь в 1469 году.
Это место считается основным центром духовности Болгарии, которое поддерживало веру даже во времена турецкого правления на данных территориях.
С обретением Болгарией независимости от османов, монастырь был расширен и поддался полной реставрации. В 1961 году он превратился в музейный комплекс.
В 1991 году, статус монастыря был восстановлен и святыню вновь передали монахам. Сегодня это мужской монастырь, который пользуется широкой популярностью среди паломников и туристов.