И только в конце XIX века уже по современному проекту было начато строительство. На практике оказалось, что бюджет нуждается в корректировке, проект был разработан с большими ошибками. Через десять лет французская компания, занимавшаяся масштабным объектом, была признана банкротом. Стройка была продолжена в 1904 году, руководство осуществлял инженер Джон Фрэнк Стивенс.
В середине 1914 года канал сдали в эксплуатацию и уже в августе этого же года по нему прошел первый пароход. Протяженность водной магистрали – 82 км, ширина 150 м. Глубина канала – 12 м. Каждый год через него проходит около 14 тысяч судов.
В наши дни он является собственностью государства Панама.