Пещеры появились в древности, в результате добычи населением близлежащих территорий известняка. В разные эпохи здесь находили приют люди. Это были и первые христиане, во II веке спасавшиеся от гонений, и участники Гражданской войны в начале XX века.
В 1942 году каменоломни поселка Аджимушкай превратились в оплот сопротивления гитлеровским войскам. Здесь базировался отряд, в который входило более 10 тысяч человек, находившихся в обороне под землей 170 дней. Из каменоломен бойцы совершали вылазки, нанося противнику существенные потери, деморализуя фашистов. Очень сложной была ситуация с обеспечением пресной водой, поэтому защитники сделали специальный колодец под землей. Немецкие войска применяли против бойцов в каменоломнях удушающие газы, устраивали обвалы. Но защитники держались до последнего и показали пример настоящего мужества и стойкости.
В настоящее время на территории каменоломен открыт мемориал, созданы экспозиции уникального подземного музея.