С XVII века землями возле Яхромы и Икши владел дворянский род Головиных. В XIX веке членами семьи Головиных было принято решение отдать эти территории под монастырь. По особому ходатайству здесь сначала разрешено было открыть женское общежитие, которое позже было обращено в обитель.
Название монастырь получил в 1861 году, в сан игуменьи была возведена инокиня Серафима. Комплекс монастыря включает в себя Собор Спаса Нерукотворного, церкви Дмитриевскую, Дмитрия Солунского, Спасскую, колокольню и корпус с кельями и трапезной.
В начале XX века обитель была одной из самых богатых в России, здесь было около 300 монахинь. В монастыре были мастерские золотого шитья, иконописи, сад и оранжерея.
После революции обитель была закрыта, помещения монастыря отданы под дом инвалидов. Все имущество было разграблено, часть построек разрушена.
Возрождение Спасо-Влахернской обители началось уже в XXI веке, когда монастырь был открыт вновь. Здесь идут службы, принимают паломников, отмечаются церковные праздники.