Первые крепостные сооружения были здесь воздвигнуты примерно в XII веке, при булгарах. В период существования Казанского ханства в XV-XVI веках у Кремля появляются новые, более мощные стены, рвы, а сама цитадель стала местом резиденции хана.
После взятия Казани русскими войсками под руководством Ивана IV в 1552 году было решено поставить на месте деревянных укреплений каменные. Работы продолжались до
XVII века. Также на территории Кремля были построены православные храмы: церковь Д. Солунского, Благовещенский собор, церковь у Спасской башни, монастыри. В то же время были сохранены мечети.
Кремль стал отправной точкой для планировки Казани в XVIII веке, когда значение его, как крепости, было утрачено.
Серьезные работы по реставрации всего комплекса Кремля начаты в 90-х годах XX века. С 1992 года здесь располагается резиденция Президента Республики Татарстан.
Восстановлены стены и башни Кремля, проведена реставрация Благовещенского собора, идет восстановление мечети Кул-Шариф.